Přestože situace na jaře 2020 živému umění nepřála, barokní orchestr Collegium 1704 využil toto období k hledání nových cest ke svému publiku pomocí online platforem. Na koncerty pražské sezony a účinkování v rámci zahraničních turné (např. ve Vídni, Versailles, Moskvě nebo Amsterdamu) navázal soubor v rámci přenosu benefičního koncertu České filharmonie či online koncertu na Pražském jaru. Po řadě vlastních online projektů se soubor vrací k živému vystupování. Koncertní řadu sezony 2020/21 rozšířil na osm koncertů a zahajuje ji 19. září 2020 ve Dvořákově síni Rudolfina, o den později v drážďanském Annenkirche. Možnost opět se setkávat na koncertech oslaví oratoriem G. F. Händela Mesiáš. Diváci se mohou těšit také na podzimní část komorního cyklu Collegia Vocale 1704. Dva koncerty proběhnou v kostele sv. Šimona a Judy, třetím koncertem zahájí Collegium 1704 své působení v Produkčním domě Vzlet.
Program zahajovacího koncertu 19. září 2020 předznamenává charakter celé sezony, která se ponese v „mesiášském“ duchu. Ke slavnostnímu zahájení v mimořádném zářijovém termínu zvolili oratorium Georga Friedricha Händela Mesiáš, tentokrát s Hanou Blažíkovou, Markétou Cukrovou, Jaroslavem Březinou a Romanem Hozou. Mesiáše ovšem představí již 11. září v Kroměříži na festivalu Concentus Moraviae, o den později v Liberci v rámci festivalu Lípa Musica a 15. září v Ostravě na Svatováclavském hudebním festivalu.
Následující koncert 20. října 2020 postaví vedle sebe Magnificat Johanna Sebastiana Bacha a Missu Omnium Sanctorum Jana Dismase Zelenky. Bachovo zhudebnění mariánského chvalozpěvu Magnificat patří k několika málo dílům lipského kantora, ve kterých vychází z latinské textové předlohy a stírá tak hranice mezi luteránskou a katolickou hudbou. Přesto Bachovo ukotvení v luteránské tradici kontrastuje s emocionálním stylem Zelenkovy tvorby pevně zakořeněným v tradici katolické. Missa Omnium Sanctorum je Zelenkovým posledním zhudebněním mešního ordinária a patří k jeho vrcholným dílům.
Jediným koncertem, na kterém v této sezóně zazní jiný než duchovní repertoár, bude Bella mia fiamma 11. listopadu 2020. Kanadská sopranistka Karina Gauvin představí árie z oper Wolfganga Amadea Mozarta a Josefa Myslivečka. Kromě slavné a technicky velmi náročné árie Bella mia fiamma, addio, kterou Mozart napsal v Praze, zazní také árie Hraběnky z třetího dějství Figarovy svatby, E Susanna non vien. Dílo Josefa Myslivečka bude na koncertě zastoupeno árií Nacqui agli affani z opery Demetrio, Sinfonií z opery Ezio a Ouverture no. 2 A dur. Program zakončí Mozartova Sinfonia no. 41 C dur Jupiter.
Vánoční koncert Santissimo Natale 22. prosince 2020 pak přenese do období italského baroka. Koncert zahájí Concerto grosso fatto per la Notte di Natale, v pořadí osmý z dvanácti velkých koncertů Arcangella Corelliho. Program doplní vokální a instrumentální díla Alessandra Stradelly, Alessandra Scarlattiho a Cristofara Caresany. S uplynulým rokem se pak orchestr rozloučí netradičně již den před Silvestrem, tedy 30. prosince 2020. Korunovační mše patří k jednomu z nejznámějších liturgických děl Wolfganga Amadea Mozarta, toto dílo pak doplní jeho další drobné duchovní skladby.
Zajímavým dramaturgickým počinem je uvedení žalmu De profundis Jana Dismase Zelenky 15. února 2021. Tato skladba spadá svým vznikem do období let 1724–1725, kdy Zelenka komponoval jednotlivé části mešního ordinária, z nichž Václav Luks zkompletoval imaginární mši Missa 1724, kterou vydalo Collegium 1704 na jaře roku 2020 na svém dosud nejnovějším CD. Na tomto koncertě zazní také Missa Matris dolorosae A. Caldary, kterou měli diváci možnost zhlédnout na online koncertě natočeném v Pražské křižovatce v dubnu 2020.
Velikonoční koncert 1. dubna 2021 přinese jedinečné dílo Georga Philippa Telemanna Brockes-Passion, které Collegium 1704 nastuduje vůbec poprvé. Ve své době velmi oblíbený text hamburského básníka Heinricha Brockese překvapivě nestaví děj na hlavních postavách pašijového příběhu, ale na postavě Dcery siónské. V této roli se představí belgická sopranistka Deborah Cachet, která s Collegiem 1704 vystoupila během turné s operou Les Boréades J. Ph. Rameaua v lednu 2020, v Praze ji však publikum dosud nikdy neslyšelo. Poprvé na tomto koncertě vystoupí s Collegiem 1704 také Václava Krejčí-Housková. Sezonu 2020/21 uzavře Collegium 1704 26. dubna 2021 díly Johanna Sebastiana Bacha na koncertě, který nese název Mesiáš v Bachových kantátách. S tématem Spasitele v Bachových kantátách se rozloučí se sezonou sestavenou z různorodých děl převážně duchovního repertoáru s důrazem na hlubokou emocionalitu lidskou i hudební.
Komorní cyklus Collegium Vocale 1704 nabídne 14. října 2020 Lobe dem Herren meine Seele Heinricha Schütze a Cantate Domino Giovanniho Gabrielliho. 4. listopadu 2020 přinese duchovní díla francouzských skladatelů, Magnificat Marca-Antoina Charpentiera a Messa Ad majorem Dei gloriam Andrého Campry. V prosinci se pak z Kostela sv. Šimona a Judy ansámbl přesune do Produkčního domu Vzlet, kde zazní Mirabile mysterium Jacoba Galluse Handla a Čtyři vánoční moteta Francise Poulenca.
